При переносе электронов по дыхательной цепи в каждой точке сопряжения происходит перенос протонов через мембрану (один электрон – один протон) из матрикса наружу. Создаваемая разность элетрохимических потенциалов протона (Dm_H⁺) служит движущей силой для работы АТФ-синтазы (F₀F₁-АТФаза). Электродиффузионный перенос протонов из окружаюшей среды в матрикс "проворачивает колесо фермента" и происходит синтез АТФ.

Рисунок взят из учебника Ленинждера (т.2, стр. 531, 1985).